Ich habe auch das Problem. Ich habe festgestellt, dass die komplette Partition nicht mehr als formatiert erkannt wird.
Also zur Konfiguration.
ICh habe Linux, win98 und win 2000 auf der 1. Festplatte. Dann habe ich mir eine neue Festplatte dazugekauft und WinXP auf dieser installiert. Immer wenn ich große Dateien mit dem Explorer von win 2000 auf dieser neuen Festplatte hin und her kopiere, wird beim nächsten Boot die Festplatte nicht wierdergefunden. Damit muß ich auch win XP neu installieren. Dabei ist es völlig schnurz, welches Servicepack auf welcher Partition installiert ist. Das hat wohl auch nichts mit der Boot.ini zu tun, da ich auch mit Linux die Festplatte neu formatieren muß um sie benutzen zu können. Hierbei spielt es aber auch keine Rolle, ob die neue Partition(Festplatte) FAT32 oder NTFS ist
Ich vermute mal, Hendrik, das ist auch Dein Problem oder