Ich hatte vor einiger Zeit ein ähnliches Problem, um mit dem SQL Server Management Studio Express auf die SQL Datenbank zugreifen zu können, um weitere DB's anzulegen, muss die SQL Express Edition vor dem WSUS installiert werden, so dass man den Zugriff für das SQL Server Management Studio Express konfigurieren kann.
Lässt man die SQL Express Edition mit dem WSUS installieren, dann besteht im Nachhinein imho keine Möglichkeit mit dem Verwaltungtool Zugriff zu erhalten und so eine zusätzliche DB anlegen zu können.
@aschinnerl: Sollte dich das Thema weiterhin brennend interessieren bitte einen neuen Thread aufmachen.;)