Hier sollte dir der Befehl shutdown weiter helfen.
Unter W2k muss man erst die Resource Kit Tools installieren, denn da ist die shutdown.exe dabei, unter XP ist die shutdown.exe schon standardmäßig dabei.
Auch wenn NetBios über TCP/IP deaktiviert ist und ein DNS-Server im Netzwerk vorhanden ist, sollte man auch den Rechner über den Hostnamen erreichen können.
Jedes Dateisystem hat seine Vor- und Nachteile, dass eine mehr das andere weniger. Da ich viel mit Windows arbeite und bisher selten etwas mit Linux am Hut hatte, bevorzuge ich NTFS als Dateisystem.
Ich habe eine GF 4 Ti 4400 unter Windows Server 2003 problemlos, mit den Nvidia Treibern für XP, am laufen und die Hardwarebeschleunigung ist auch aktiviert.