Moin,
das ist jetzt alles etwas verworren ... aber leider ist die ganze Zertifikatsklamotte ja auch oft unübersichtlich.
Lass uns mal ordnen:
Du möchtest ein TLS-Zertifikat für deinen Proxyserver unter Linux, richtig?
Du hast eine zweistufige Windows-PKI, die untergeordnete CA kann Zertifikate ausstellen.
Um einen CSR für deinen Proxy zu erzeugen, müsstest du das zweckmäßigerweise von diesem Proxy aus tun. Der braucht ja schließlich den privaten Schlüssel. Also ist eine MMC nicht das richtige Werkzeug, denn die läuft ja auf einem Windows-Rechner. Wie du auf deiner Linux-Disto einen CSR erzeugst, musst du in deren Doku nachsehen.
Den CSR kopierst du dann (im einfachsten Fall) als Datei auf die CA und erzeugst dafür ein Zertifikat. Das exportierst du in eine Datei und kopierst diese auf deinen Proxy. Wie du sie dort so hinterlegst, dass die Proxy-Software sie auch findet, musst du in der Doku der Software nachsehen. Ob du die Zeritifkatskette auch hinterlegen musst, sollte ebenfalls aus der Proxy-Doku hervorgehen. Meist ist das aber nicht nötig und der Client muss das dann prüfen.
Gruß, Nils