Von 3.6 möchte ich noch abraten. Es wird neben positiven noch ein bisschen negatives berichtet...
Zwei FF Instanzen unter Windows zu starten geht nicht.
Habe ich's richtig verstanden? -- Es wird nicht mal mit <Ctrl / Strg> + <n> aus einem aktiven Fenster ein neues geöffnet?
Wenn das der Fall ist, versuche doch bitte das neue Profil anzulegen, wie Sunny61 schon vorgeschlagen hat.
<Win>+<R>
X:\<Pfad_zum_Programm>\firefox.exe -P