netdom verwendet AFAIK den WinNT-Provider (wußte bisher auch nicht, daß das SPNs setzen kann?!?), SetSPN verwendet ADSI. So gesehen stimmt "netdom ist die alte Variante". Sollte aber nur eine Rolle spielen, wenn irgendwas mit dem Builtin-Container in AD gemacht wurde.
Frau kann auch einfach direkt das Attribut servicePrincipalName bearbeiten mit LDAP-Mitteln ihrer Wahl (System.DirectoryServices, Powershell Set-ADObject/Set-ADComputer, dsmod.exe, csvde.exe, ldifde.exe usw... )