Wichtig war mir aber, dass es wie gesagt über die MMC geht.
Habe das Problem lösen können:
Mein fehler wart, dass ich immer direkt das Snap-In certmgr.msc aufgerufen habe. Dieses öffnet die Zertifikatsverwaltung aber im Benutzerkontext.
Um es im Computerkontext zu öffnen muss man zunächst eine leere MMC öffnen und das SnapIn dann erst hinzufügen. Nun kommt eine Abfrage in welchem Kontext das ganze geschehen soll. Ist somit ERLEDIGT.
Trotzdem Danke für deine Hilfe :)