Es kommt darauf an, wie Dein Plan aussieht. Du müsstest ja, um die Außerbetriebsetzung abzuschließen, auch das Vertrauen zum Root entfernen. An dieser Stelle ist es dann egal, ob die Zertifikate zurückgezogen wurden oder nicht. Wenn Du möchtest, dass der Zertifikatsstatus überhaupt geprüft wird, musst Du das Vertrauen in das Root-Zertifikat aufrecht erhalten, solange ein von der PKI signiertes Zertifikat noch im Umlauf ist.
In jedem Fall wird es Fehlermeldungen geben. Wie von @Dukel angemerkt, zuerst alle Zertifikate tauschen, DANN die PKI abbauen, nach welchem Schema auch immer.